在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验结果显示

1、从光敏的培养人体细胞中截取DNA交连蛋白酶质

为了能让隔离光热塑球氨基酸-DNA包覆物应用在LC-MS解析，我们建设没事种转化纯化情况报告，可从DNA中去否则热塑球氨基酸，仅在紫外线时已完成直接的基因遗传组触及生物富集DNA热塑球氨基酸。用TRIZOL截取印染质并除掉入狱获的非热塑球蛋清酶，再将其全新析出以已完成RNase代谢。已完成超声清洗切面所述球氨基酸热塑DNA的截取物，在硫氰酸胍中高温转化，并在二氧化物硅离心法柱上严重清洗以去否则热塑球氨基酸直已完成。已完成核酸酶操作从DNA中发出光热塑球蛋清酶，并已完成胰球蛋清酶酶代谢应用在LC-MS解析。该做法命名规则为球氨基酸热塑DNA截取或XDNAX。

图1.核蛋白化学交联DNA领取或XDNAX操作步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会直接排斥DNA的蛋清质图谱

将光化学交联最简单的方法用途于MCF7神经細胞，发掘了1,805种得票数血清，之中1,191种存有于3个或许多次相似中。60%的DNA双方帮助组带异核酸配合的GO批注，在短缺核酸配合批注的血清质中，最主要的业绩原于核纤层血清，前者是进行着色质组织性和神经細胞裂变的血清质（图2）。

图2 . 可进行接触性 DNA 的氨基酸质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结结尾了DNA共同用处组所抽象性的核氨基酸-DNA界面显示举例包涵的核苷酸交连肽。这以及随着（1）球状DNA组合节构域、（2）DNA 组合起居不规律区（IDR）和（3）随着与其余核氨基酸（举例说明组核球血清质组合核球血清质）、RNA（举例说明剪接要素）或相隔离区室（举例说明核仁核球血清质）共同用处而造成的的情况贴近。

图3 . 可立即打交道 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量癌细胞扰动期间内与DNA构建的转录指数公式

雌荷尔蒙多巴胺受体α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，昨天会遇到其配体，闪避易位到血神经血细胞结构，在那边它与基因组组中的指定城市运用以提高指定的转录程序代码。将血清饥饿的MCF7血神经血细胞裸露于高服用量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模仿加工的对比血神经血细胞较想一想的DNA间接能力组（图4A）。在当中，雌荷尔蒙刺激性后DNA间接能力组中的ESR1新增了30倍（图4B）。总的比喻，在1,814个酶联免疫法的淀粉酶质-DNA间接能力中，约有9%凸显出不超2倍的有效发展，并观查到与ESR1含有间接能力的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌女性激素工作乳腺炎癌内部 DNA 相互间帮助组的参考值对比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

的钻研来到人类基因遗传组的球球蛋白酶酶以了解到它是怎样被写入并付诸实践操作的，直是科研开发员这个持续的寻求。人类基因遗传组可及性主要是以DNA为重点的立场实现的钻研，而是，到到目前到止到止，上色质疑胶中的什么样的球球蛋白酶酶与DNA 会发生力学互不效果尚不弄清楚。操作零高度光化学交联，可发现DNA互不效果组中的太占多数球球蛋白酶酶，XDNAX系统将对于球球蛋白酶酶-DNA互不效果的钻研的厉害器具。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、绘制组学、代谢转化组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

规范论文毕业论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.