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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出大范围的生态学渗透性，涉及抗癌肿和身体毒反应。一般说来，三萜是根据甲羟戊酸方法自动合成的，并从非人工动植物和真菌孢子中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨职称论文。该探讨找到三萜类化学物质虫草酸（GA）是经由药液教育培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物流量转化出现的。凭借转录组和蛋白酶酶质组学的技术设备进步科学探索无柄野生虫草菌丝体中DHT出现二者野生虫草酸（GA）的逻辑，并基于两组学的技术设备查测到的不同什么是基因和不同蛋白酶酶，推断DHT 怪物分解 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和能力分类整理

经过对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体开展转录组测序共受到67230个转录本和1429七个单遗传基因组遗传。在他们单遗传基因组遗传中，49多个被认定为距离形容遗传基因组遗传（DEGs），中仅213个形容调涨，279个形容下降（图1A）。GO含有分折后，DEGs可分成生物制品的方式中（BP）、生殖受损细胞基本成分（CC）和大分子作用（MF）3类。在BP品目中，出显了前三子品目：抗菌素细化分解的方式中，冰醋酸盐分解的方式中和甲酸盐分解的方式中 ;而在CC品目中，生殖受损细胞外区、突触混合体、突触形式是前三亚类。针对于MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化、氧化的呈现酶化学活化和酸氨（或酰胺）连结酶化学活化是前三亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG环路分折中，前30条含有度极限的环路中含27条一种分解，中仅二氧化氮分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解信号灯环路相关性含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和作用定义

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体做蛋清质组学概述，共有制定了16,457种独一无二肽、2606种蛋清质和2588种参考值蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选生活条件下，从这2606种蛋清质中，94种被司法鉴定为地域差别的展现蛋清（DEPs），表中52种调涨，42种上涨（图2A），图2C彰显了地域差别的展现蛋清的聚类数据文件解析概述热图。从GO概述看你，BP门类彰显，不少是数DEPs参与性醋酸钠盐排泄的整个过程中、抗生素类转换排泄的整个过程中和抗癫痫药物转换排泄的整个过程中。CC类DEPs在上皮受损受损体细胞外区、过氧化物的物酶体和微体中覆盖率最多，氧化物的展现酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的基数最多（图2B）。与转录组然而相拟，KEGG径路概述彰显，不少DEPs在排泄中动物丰度，表中3条最动物丰度的路经是光合动物中的碳特定、碳排泄和MAPK4g信号径路（图2D）。于此，能够概述GO数据文件库的CC对DEPs做亚上皮受损受损体细胞导航定位概述和引用（图2E），DEPs大部分区域划分在上皮受损受损体细胞质（40.66%）、上皮受损受损体细胞质（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），的理论上是GAs动物生成的大部分区域。

图2|淀粉酶质组的参考值剖析和功用证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物生成和较组获选DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个差异性理解表观遗传（图3A）。对转录组和核核苷酸组中E组和C组现有的DEGs/DEPs确定聚类分折分折，得知mRNA和核核苷酸两者有16个调涨表观遗传和6个下降表观遗传，DEGs两者两者之间汉语翻译的DEPs理解含量呈正有关于，根据Pearson的有关于公式分折，在转录组和核核苷酸组两者判断到比较高的有关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则没想到出现，E组和C组1一DEGs的展示方式质量差别的为显著，中间9个为上浮DEGs，两个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示方式趋势英文与转录多组分析没想到不一。

图3|淀粉酶质组的一定量了解和功能表校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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